Странджа е най-голямата защитена природна територия в България и затова си има причина – уникалната флора и фауна, живееща на територията на парка. Дъбовите и буковите гори покриват 80% от планината, а много от дърветата са вековни. Всъщност, учените са установили, че около 30% от всички дървета в парка са на възраст над един век.
Голям интерес представляват и лонгозните гори, които се срещат по поречието на реките Ропотамо и Велека. Благодарение на топлия и мек климат растения, нетипични за България, могат да живеят в Странджа – така например по най-южните части на черноморието ни се срещат маслини, райски ябълки, нар и други. Планината е уникална и със странджанската зеленика – вечнозелен храст, който от цяла Европа може да се срещне единствено тук.
Уникалността на Странджа си има причина – последният Ледников период някак си “пропуснал” планината. От WWF обаче алармират, че под претекст за извършване на “санитарна сеч” се унищожава много от това национално и европейско богатство. Така са били изсечени много вековни дървета. Естественият хабитат на странджанската зеленика също е бил нарушен и тя е станала косвена жертва на сечта.
Унищожението на уникалната флора би имало последствия и за също толкова нетипичната фауна в Странджа. Така например в южната планина живее най-голямата популация на видра в България. Особено внимание заслужават прилепите, които са 21 вида, всичките са те включени в световната Червена книга.
Сечта и нерегулираната човешка дейност обаче поставят под въпрос бъдещето на уникалното биоразнообразие в Странджа.